No caso de incumprimento dos termos em que o projeto foi aprovado poderão ser aplicadas penalizações em função do grau de incumprimento dos objetivos e do plano de investimentos aprovados. No limite, as penalizações podem implicar a anulação do financiamento concedido. Caso uma empresa beneficiária entre em falência, o Estado pode acionar eventuais garantias que tenham sido prestadas, designadamente garantias bancárias ou garantias no âmbito do sistema de garantia mútua, bem como constituir-se como credor.
