Compete às autoridades de gestão procederem ao acompanhamento da execução física e financeira dos projetos, incluindo a verificação dos objetivos do projeto e a realização do plano de investimentos. Estas funções podem ser delegadas em organismos intermédios especialmente designados para o efeito. Paralelamente, os projetos poderão ser auditados pela Inspeção Geral de Finanças, que desempenha as funções de autoridade de auditoria, bem como por outras instâncias nacionais e europeias.
